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按照《企业职工奖惩条例》第17条、《工资支付暂行规定》第16条规定：

因劳动者本人的原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可依据国家有关规定以及与法律法规不相抵触的劳动合同、承包合同的约定和企业内部规章制度要求劳动者赔偿经济损失，赔偿损失可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。且扣除后的剩余工资部分不应低于当地月最低工资标准。

《工资支付暂行规定》规定：

因劳动者本人原因给用人单位造成损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不能超过劳动者工资额的20%。如果劳动者与公司签订的劳动合同中约定了这种情况的赔偿条款，则公司有权从劳动者的工资中扣除一部分来赔偿公司的损失，但不能超出劳动者工资的20%。

注意：

1、公司能扣款的前提是公司能够举证员工的行为造成了公司损失，且能够提供损失计算的依据及经济损失的数额。如果无法举证，就算是客观上存在损失也不能从员工工资中扣款。

2、用人单位可以从其工资中扣除赔偿费，但应当提前书面告知扣除原因及数额;未书面告知的不得扣除。

以上就是“员工因重大事故造成公司损失的,可以从工资中全部扣除吗”相关知识，因劳动者本人原因给用人单位造成损失的，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不能超过劳动者工资额的20%。

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